En la época precolombina, el territorio que actualmente corresponde al cantón de Puriscal estuvo habitado por indígenas huetares, que se encontraban distribuidos en diversos reinos. La mayor parte del cantón se encontraba dentro del Reino de Pacaca, que al momento de la conquista era gobernado por el rey Coquiva. Existían otros dos cacicazgos de importancia en territorio de Puriscal: el cacicazgo de Puririse o Puririsí, ubicado donde se encuentra actualmente el centro de la ciudad, y el cacicazgo de Chucasque, que actualmente corresponde a la zona de Chucas de Puriscal. Estos dos cacicazgos eran, a su vez, parte del Señorío de Garabito o Reino Huetar de Occidente. Testimonio de ese hecho son los múltiples hallazgos arqueológicos, principalmente en las localidades actuales de ciudad de Santiago y Mercedes Sur de Barbacoas, las cuales fueron grandes cementerios nativos. Los aborígenes que residían en el lugar eran de espíritu belicoso, y mantenían constantes luchas con sus vecinos de la tribu del cacique Aczarri. Tanto Garabito como un hermano de Coquiva, el príncipe Quizarco, fueron importantes líderes de la resistencia indígena durante la conquista española.

Desde antes de la llegada de los españoles, Puriscal fue una encrucijada importante. Prueba de ello es que fue lugar de paso de los indígenas que venían del noroeste e iban al suroeste del presente territorio nacional.

El conquistador español Juan de Cavallón y Arboleda pasó por Puriscal antes de internarse en el Valle Central y fundar en 1561 la aldea de Garcimuñoz ―que se supone que es la actual Santa Ana―. Durante la Colonia, el camino de mulas que a partir de 1601 se utilizó para comerciar con Panamá, también pasaba por la zona de Puriscal.

Se estima que la región comenzó a colonizarse a partir de 1815, con familias provenientes en su mayoría de los cantones actuales de Desamparados, Alajuelita, Tibás. Sus apellidos eran Aguilar, Barboza, Chacón, Charpentier (de origen francés), Gómez, Montero, Retana, Salazar, Segura y Valverde.

Antiguamente, la región que hoy corresponde al cantón de Puriscal fue conocida como “Cola de Pavo”, así denominada por dos comerciantes, Jorge y Jesús Retana, que comerciaban en este lugar cuando en él solo había pocas familias residentes.

Puriscal en sus orígenes fue un lugar conocido por sus sembradíos de café.

La primera ermita se construyó en 1858, en un terreno que donó Pedro Jiménez Meléndez, durante el episcopado de Joaquín Anselmo Llorente y Lafuente, primer obispo de Costa Rica. En el año 1871 se erigió la parroquia, dedicada a Santiago Apóstol; la cual actualmente es sufragánea de la arquidiócesis de San José, de la provincia eclesiástica de Costa Rica.

El 18 de octubre de 1915, durante el gobierno del presidente Alfredo González Flores, se promulgó la ley n.º 20 sobre división territorial para efectos administrativos, que le otorgó a Puriscal el título de «villa». Posteriormente el 20 de julio de 1926, en la segunda administración del presidente Ricardo Jiménez Oreamuno se decretó la ley n.º 40, que le confirió a la villa la categoría de ciudad.

En 1886 funcionó en Santiago una escuela para niñas, en 1891 se inauguró una escuela de música financiada por vecinos del cantón. La actual escuela Darío Flores Hernández se construyó en 1900, en el segundo gobierno del presidente Rafael Iglesias Castro. En el año 1945 se instaló la Escuela Complementaria, de enseñanza secundaria, que ocupó parte de las instalaciones de la escuela Darío Flores Hernández. El 8 de febrero de 1953 se inauguró el edificio de la Escuela Complementaria, en la administración de Otilio Ulate Blanco; tres años después se comenzó a llamar Liceo de Puriscal.

El agua de la primera cañería traída por gravedad desde Mercedes Sur, fue instalada por un italiano, allá por los años de 1920 a 1923. En 1934, se construyó una nueva cañería, en el tercer gobierno del presidente Ricardo Jiménez Oreamuno.

El alumbrado público, eléctrico, se inauguró el 25 de julio de 1926, en la segunda administración de Ricardo Jiménez Oreamuno.